Dar meus dois centavos pq acho interessante a pergunta. Em outras palavras, com as revogações, surgem as seguintes dúvidas:
1. Como deve proceder a Procuradoria quando, ao requerer o arquivamento do processo, o Tribunal julgar improcedentes as razões invocadas para o pedido, e ordenar a volta do processo à Procuradoria?
2. Como deve proceder a Procuradoria quando, após opinar sobre a incompetência, o Tribunal enviar o processo a mesma, afirmando a sua competência na espécie?
Bem, felizmente, hermenêutica não cai na prova. Não há possibilidade de questão legítima neste escopo.
Agora, entrando em campo opinativo, vejo dois caminhos:
A) Continuar aplicando o dispositivos revogados:
1. Como deve proceder a Procuradoria quando, ao requerer o arquivamento do processo, o Tribunal julgar improcedentes as razões invocadas para o pedido, e ordenar a volta do processo à Procuradoria?
R: c) oficiar nos processos promovidos mediante representação de interessados ou do Ministério da Marinha, ou por decisão do Tribunal, acompanhando-os em tôdas as fases como se se tratasse de processo da sua iniciativa;
2. Como deve proceder a Procuradoria quando o Tribunal enviar o processo a mesma, afirmando a sua competência na espécie?
R: a) promover, mediante representação do Tribunal, os processos da competência dêste, e acompanhá-los em tôdas as suas fases;
b) requerer o arquivamento de inquéritos
B) Entender que os artigos 50 e 51 foram revogados tacitamente, devido tais competências terem sido transferidas a Procuradoria Especial da Marinha - PEM, conforme Art 5. da mesma lei que Revogou os dispositivos:
Art. 5º Compete à Procuradoria Especial da Marinha - PEM:
I - assessorar, juridicamente, o Ministro da Marinha, o Estado-Maior da Armada, a Secretaria-Geral da Marinha e a Diretoria-Geral de Navegação, nas consultas concernentes ao Direito Marítimo Administrativo e ao Direito Marítimo Internacional, bem como naquelas atinentes a acidentes ou fatos da navegação;
II - atuar nos processos da competência do Tribunal Marítimo, em todas as suas fases;
III - oficiar em todas as consultas feitas ao Tribunal Marítimo;
IV - requerer, perante o Tribunal Marítimo, o arquivamento dos inquéritos provenientes de órgão competente;
V - oficiar à autoridade competente, solicitando a instauração de inquérito, sempre que lhe chegar ao conhecimento qualquer acidente ou fato da navegação;
VI - oficiar nos processos promovidos mediante representação de interessados ou por decisão do Tribunal Marítimo, acompanhando-os em todas as fases;
VII - oficiar em todos os processos de registro de propriedade marítima, de armador, de hipoteca e demais ônus reais sobre embarcação;
VIII - promover a assistência judiciária gratuita aos acusados que não disponham de recursos para constituir advogado, aos revéis, ausentes ou foragidos, assim declarados, e aos que o Tribunal Marítimo considere indefesos;
IX - servir de curadoria, nos casos previstos em lei; e
X - promover e manter estágio forense perante o Tribunal Marítimo.